有机肥与化肥混用的效果可以从多个角度来分析，包括提高肥效、减少养分固定、保蓄养分、调节土壤酸碱度和增加土壤养分等。
提高肥效
有机肥与化肥混合使用可以提高肥料的综合效应。化肥与有机肥料混合后，可以促进有机肥料更快的腐熟，较快的释放养分。有机肥料又可吸附化学肥料，特别是容易被土壤固定或者易于流失的过磷酸钙、微量元素等，从而提高化肥的利用率。例如，有机肥与过磷酸钙或钙镁磷肥混合后，可以促进土壤中原有的固氮菌的生长，也可以促进豆科作物的根瘤菌更好地生长，有利于提高对作物的供氮水平。
减少养分固定
化肥施入土壤后，有些养分会被土壤吸收或固定，降低了养分的有效性。而与农家肥混施后，可以减少化肥与土壤的接触面，减少化肥被土壤固定的几率，提高养分的有效性。例如，过磷酸钙和钙镁磷肥直接施入土壤，简单同土壤中的铁、铝、钙等元素结合，生成难溶性的磷酸物而被固定，造成有效养分损失。若与有机肥混合施用，则不仅可减少与土壤接触面，减少土壤与化肥的固定机会，而且可使磷肥中那些难溶性的磷转化成作物能利用的有效磷，提高磷肥的肥效。
保蓄养分，减少流失
化肥溶解度大，施用后对土壤造成较高的渗透压，影响作物对养分和水分的吸收，增加了养分流失的机会。如与有机肥搭配混用，能克服这个弊端，促进作物对养分和水分的吸收。例如，化肥与有机肥混合使用可以减少土壤溶液陡然增高的弊病，同时，有机肥可以改善作物对养分的汲取条件，提高土壤蓄水保肥力量，防止和削减化肥养分的流失，提高化肥利用率。
调节土壤酸碱度，改良土壤结构
长期单施化肥会破坏土壤的团粒结构，造成土壤黏重板结，降低耕作性能和供肥性能。有机肥含有丰富的有机质，可活化疏松土壤，降低容量；可改善土壤的水、肥、气、热等理化性状；调整酸碱度。二者混用，既可提高产量，又可促进农业的可持续性进展。
增加土壤养分
有机肥是微生物生活的能源，化肥是微生物生长的无机养分，二者混用促进微生物活动，进而促进有机肥的分解，产生大量二氧化碳和有机酸，有助于土壤中难溶性养分溶解，供应作物汲取。二氧化碳能增加作物的碳素养分，提高光合效率。微生物生命短暂，死亡后即分解释放出养分，供作物汲取利用。
综上所述，有机肥与化肥混用的效果是多方面的，它不仅可以提高肥效、减少养分固定、保蓄养分、调节土壤酸碱度和增加土壤养分，还可以通过取长补短的方式全面供应作物生长所需养分。因此，在农业生产中合理地混用有机肥和化肥是非常有益的。