优点
取长补短，培肥地力
化肥的养分单一，含量高，肥效快，但持续时间短；而有机肥养分齐全，肥效持久，可改良土壤，培肥地力。二者混用，可以取长补短，全面供给作物生长所需养分，促进作物健壮生长，提高增产效益。
保蓄养分，减少流失
化肥溶解快，溶解度大，施入土壤后，土壤溶液浓度一时会很快增高，造成作物较高的渗透压，影响作物对养分和水分的吸收，增加了养分的流失和机会。有机肥和化肥混合使用，可以克服土壤溶液陡然增高的弊病，同时，有机肥可以改善作物对养分的吸收条件，提高土壤蓄水保肥能力，防止和减少化肥养分的流失，提高化肥利用率。
减少养分固定，提高肥效
化肥施入土壤后，有些养分会被土壤吸收，鳌合或固定，降低肥效。如过磷酸钙和钙镁磷肥直接施入土壤，容易同土壤中的铁、铝、钙等元素结合，生成难溶性的磷酸物而被固定，造成有效养分损失。若与有机肥混合施用，不仅可减少与土壤接触面，减少土壤与化肥的固定机会，而且可使磷肥中那些难溶性的磷转化成作物能利用的有效磷，提高磷肥的肥效。
改良土壤结构，促进持续增产
长期单施化肥会被破坏土壤的团粒结构，造成土壤粘重板结，降低耕作性能和供肥性能。有机肥含有丰富的有机质，可活化疏松土壤，降低容量；可改善土壤的水、肥、气、热等理化性状；调节酸碱度。二者混用，既可提高产量，又可促进农业的可持续性发展。
促进微生物活动，增加土壤养分
有机肥是微生物生活的能源，化肥是微生物生长的无机营养，二者混用促进微生物活动，进而促进有机肥的分解，产生大量二氧化碳和有机酸，有助于土壤中难溶性养分溶解，供给作物吸收。二氧化碳能增加作物的碳素营养，提高光合效率。微生物生命短暂，死亡后即分解释放出养分，供作物吸收利用。
缺点
不适宜混施的情况
有机肥与化肥混合使用需要注意配比和使用时机。例如，未腐熟的农家肥不能与硝态氮肥混施，若混施，农家肥中的反硝化细菌会使硝态氮肥发生反硝化作用，生成亚硝酸盐，引起氮素损失，降低作物品质。此外，草木灰不能与氮素化肥混施，草木灰是碱性肥料，若与氨态氮、硝态氮等酸性氮素化肥混施，则会发生中和分解反应，释放出氨气挥发，造成氮素损失，降低肥效。
有机肥的缺点
尽管有机肥在农业生产中有很多优点，但它也有其局限性。有机肥所含养分种类较多，但含量较低，并且在土壤中分解较慢，在有机肥施用量不是很大的情况下很难满足作物对营养元素的需要。此外，有机肥中的大量元素氮磷钾还是很欠缺的，满足不了作物对养分的需求。
化肥的缺点
化肥的养分不如有机肥齐全。一般化肥不含有机质，成分比较单一，只含一种或两三种养分。长期使用容易导致作物缺素症和土壤残留破坏土壤健康。化肥利用效率低，有关调查显示，我国化肥的利用率当季氮肥利用率仅为35%，磷肥的利用率仅为10%～25%左右。
结论
综上所述，在农业生产中，有机肥与化肥混合使用是一种理想的施肥方式。它可以取长补短，培肥地力；保蓄养分，减少流失；减少养分固定，提高肥效；改良土壤结构，促进持续增产；促进微生物活动，增加土壤养分。然而，在使用过程中也需要注意不适宜混施的情况，并认识到各自的缺点。通过科学合理地搭配使用有机肥和化肥，可以充分发挥各自的优点，同时避免或减轻缺点的影响。