大棚番茄作为经济作物，利用室内环境与技术来提高其光合效率，改善作物的品质，结合新技术的种植，实现高产。大棚番茄种植会对环境造成一定的影响。
首先，大棚番茄种植会产生污染物。大棚种植一般需要使用温度可调节的温室，通常使用煤、油、天然气等作燃料，以满足温室温度的需求，燃料燃烧时就会产生某些污染物；另外，大棚种植还会使用化学肥料和农药，不当使用这些化学品可能也会对环境造成污染。
其次，大棚番茄种植会影响水质。温室的最大特点是回收使用蒸发水，如果没有及时回收，番茄温室内水汽会逸出环境，可能会引起植物过敏或缺水；另外如果温室蒸发水和用较多化肥混合，这种物质容易在水体中沉积，一方面会变质水体，另一方面又会影响水生生物的生活环境。
再次，大棚番茄种植可能会对环境中的生物结构造成影响。在温室中种植番茄时，往往要求首先将原有的自然生态系统清除，如果这种清洗过程不当，就可能破坏原有的生物结构，从而影响原有群落的平衡。