鱼腥草水分管理主要是指把一片水域内的鱼类之间拒绝交配，防止生产非有益混合种鱼和虾，以及病鱼和病虾污染整个水体，从而达到在同一水域内获得更多的利润等目的。
鱼腥草水分管理主要有两个方面，一是建立系统的鱼腥草种群分管理；二是进行鱼腥草池口拦河等运防措施，这不仅可以有效防止不同种类鱼只的杂交，而且还可以保证鱼腥草的产量能够满足需要。
第一，建立系统的鱼腥草种群分管理：在同一水域内，主要采取网格种群管理模式，将水体划分成多个网格，每个网格内放养的鱼腥草品种应该为同一种，使鱼腥草各种品种能够得到有效的管理，只有这样才能够确保在同一水域内鱼腥草数量稳定，从而获得更多的收益。
其次，进行鱼腥草池口拦河等运防措施。在鱼腥草池口拦河中，主要采取人工拦河网等措施，放置一层人工拦河网，然后在拦河网上再放置多层鱼腥草网，使其能够有效的拦阻各种不同种类的鱼虾进入池中，这样就能有效的防止鱼类之间的杂交，从而保证鱼腥草的产量和整个水体的洁净。
鱼腥草水分管理可以涉及水库蓄水、生态保护及水资源开发。水库具有贮水、调节、调水用，以及多功能用水等特点；生态保护则可以通过有效的河床泥沙动态调控，以及调节河水中的有害（高氧化性，氨氮，微量元素等）成分，达到生态环境的建设与治理；水资源开发则可以通过提高用水效率，降低污染，以及安全保障水质，让社会对水资源的利用更加有效的管理。