处理碗莲的种子是一件费力的工作，但必须做，因为该作物的果实具有特殊的药用价值，并备受消费者的青睐。要想养护出良好的作物，掌握合理的种子处理技术是至关重要的。
首先，处理碗莲种子前要进行预处理，种子要取洗净，水洗两次，将沉淀物仔细撇净后，用手搓一下，皮渐渐变细，用200目水滤网将种子过滤，有短的皮及夹有几颗种子的果实由中滤网滤去，只保留能够萌芽的长皮种子。
其次，处理种子的原料。碗莲种子处理生理浴缸中要求洗净无杂质，种子用清水充分洗淨，再用碱液中移除残留物，根据茶叶处理要求选取以岩粉、矾土、陶瓷泥和麻沫为原料，搭配使用。