肥水管理施肥深度是指土壤深层施肥，向土壤某些深层施肥，是肥水管理中比较重要的一个环节。肥水管理不仅仅是控制肥料的合理配置，而且还包括调控施肥的深度。肥水管理的施肥深度控制不仅要满足土壤特性，还要满足农作物根系对养分的吸收特点。
施肥深度可以扩大施肥水量，在一定程度上改善土壤水分条件，加强施肥剂的安定性，促进复合型肥料在平衡水平的内分解、施用量的准确性，延长施肥的有效期，及时地补给应用有效高浓度肥料，满足作物对养分的需求，达到作物提高收益、经济效益和环境效益的要求。
除了正常施肥深度外，还应考虑特殊情况下调节施肥深度。其中，原施肥深度不够，可在原有施肥深度上再加深一成；原施肥深度过大，可缩小到原来的三分之一；受干旱太紧，应尽可能将施肥深度加深；受旱日久或大汛，应缩小施肥深度。
与此同时，有效的施肥深度控制也要满足施肥装置的要求。施肥工具包括各种冲施肥泥泵、吹施肥用品、拖拉机式施肥机、自动施肥车辆、无源式施肥装置等等。
要有效实施肥水管理施肥深度，要做好充分的前期准备，如更新地块的土壤结构，增加保护性土壤的厚度，建立有效的肥力层，以提高土壤的吸水保持能力和改善气孔结构，使农作物得到充分的根系供应，使农作物更加茁壮成长。