原畦栽种以复杂的地形分割，作物浇灌难度极大，加之原畦栽种水利设施落后，大量原畦田均由手动浇山抓水灌溉。此外，因为原畦栽种存在交叉排灌问题，出现流水交叉混栽，会导致集体效应，把靠近块垒排灌的田块也给带出灌，而这些水分会无形中消耗掉，增加费用。
其次，原畦栽种由于地形复杂，在作物品种选择、种植布局、农药施用方面存在困难。由于每块谷头的地形都不尽相同，在个别农田选择种植作物品种上难以实现统一标准，再加上内外防治药物的控制由于畦内运输不便的原因，也相对较为困难。
最后，原畦栽种对土壤质量的恶化也是一个关注焦点。由于原畦栽种的水利设施低效，人工浇灌费用较高，使得大部分农民不能做到施肥质量充足，从而导致了土壤和水体污染，子孙后代可能会受到严重影响。