秀珍菇是拉丁美洲最有名的食用菌之一, 由于其独特的香味和多样的营养成分，在全世界已被应用于烹调。秀珍菇菌种分离是研究秀珍菇除了口感和营养外的潜在功能的关键性研究。秀珍菇菌种分离是将较大的菌群克隆分离成单个微生物群体，形成新的菌类。
秀珍菇菌种分离的过程主要是把大菌群克隆分离成单个菌种。首先，摘取秀珍菇培养基，然后放入培养箱，使其孢子可以自由繁殖。经过培养，可以得到许多不同的菌种。其中，放射性同位素可以用来检测食菌的种的类型，再用PCR技术提取菌稳定性特征，最后经过序列鉴定，将克隆分离出来的分子有序化，获取库。
分离出来的所有新的菌株，都需要经过鉴定，鉴定的关键就是基因组分析。秀珍菇基因组是以各种遗传物质（RNA和DNA）序列为基础，经过序列分析来研究多种精确功能的问题。基因组分析可以帮助确定最终分离出来的菌株与传统菌株的关系。
另外，还可以采用元素分析的方法来进行识别。该方法的原理是将分离出来的菌株放入质谱仪中，从而获得其成分。在识别过程中，还可以采用液相色谱-质谱联用以鉴定和表征分离出来的物质成分。