蛋黄果整形修剪是维护蛋黄果树健康和良好生长的重要手段，也是开发和强化品种质量的关键因素。正确进行蛋黄果整形修剪不仅有利于提高蛋黄果的品质、增加其果实收获率，还可以减少虫草和病害的发展。
蛋黄果在成株之后的修剪要从新生枝上开始，以保持木干生长均衡，新长的枝芽必须砍去，以促使蒂部的长出多花果穗。季节性的修剪以砍去枝头的过冬接穗，使重心下移，促进果实生长，这种修剪可改善树木根形，加快枝条生长，使果实更饱满，果实质量也有提高。
此外，手工修剪也是促进蛋黄果质量和养分吸收的重要手段，包括手工砍去病枝、杂植物及多余枝条等，可使蛋黄果树的耗水和承重得到改善，控制果实的产量，促进果实的成熟。