在有限的水资源下，荒原农田的灌溉有多种不同的方法可以考虑。
首先，灌溉系统应以合理的方式创造水仓，并把水从水源输送到荒原农田。
其次，采用高科技和技术手段，根据农田不同类型、形状、结构和位置，决定采用最适合的深灌系统，如灌溉井、连续休耕灌溉区、植物休耕灌溉区以及节灌系统等。
第三，应当在灌溉之前采取有效的农业技术措施，如有机肥料的施用和有效的土壤管理等，以更有效地利用灌溉水。
第四，根据土壤条件和作物类型，围绕植物期望的水分范围灌溉，开发如适宜的深耕、营养调节剂施用、水分重新分配和深耕乔木等新技术。
另外，荒原农田也应该考虑实施水分管理，建立水文分布监控系统，监测和及时搜集有关水资源和植物生长的数据，以更好地掌握灌溉水量和滴灌时间，从而形成有效的灌溉系统和水资源管理。
总之，生态农业安全灌溉是一个系统工程，在高山和荒原地区更增加了其复杂性，此时尽量采用科技化的农业灌溉技术，成为荒原农田改善生态环境灌溉的有效手段。