微生物菌肥和菌剂都是指含有微生物的农业生产用品，但它们具有不同的特点和用途。
微生物菌肥是一种固体或液体肥料，其中含有助于植物生长的大量有益微生物、有机肥料和微量元素等成分。这些益生菌可以引导植物吸取更多的营养物质，增强土壤的肥力，改善土壤结构，提高植物的抗逆性和产量等级。与传统化肥相比，微生物菌肥具有更明显的生物学效应，可以在不损害环境的前提下提高土壤健康度和农业可持续性，有助于生态农业的发展。
而菌剂则是含菌量高、菌种纯度高的一种生物制剂，是以一种或多种有益的菌群为主要活性成分，通过微生物代谢和作用，可以调节农作物生长环境，降低土壤病害和化学污染的风险。菌剂有很多种类，常见的有植物生长调节菌剂、有机废弃物处理菌剂、油污污染土壤治理菌剂、芬多尼菌剂等。近年来随着环保意识的不断提高，菌剂的应用范围也越来越广泛。
综上所述，微生物菌肥和菌剂的区别在于它们的主要作用和用途不同，菌肥主要用于提高土壤健康度和农业可持续性，而菌剂则主要用于调节土壤环境，降低风险。不过，二者也有一些相似之处，如它们都主要依靠微生物的作用来实现对植物生长的促进和保护。