蘑菇菌种就是把蘑菇图种与其他杂菌分离出来，然后通过培养，获得纯的、人们所需要的优良菌种。蘑菇菌种的分离，可分为孢子分离法、组织分离法以及基内菌丝分离等。人类通过分离得到的母种。 得到的母种后，必须通过出菇试验，鉴定为优质菌种后，才可供生产使用。
蘑菇如何养殖
1、栽培基质
养殖蘑菇时，需要先给其制作栽培基质，可以将当年采收且无霉病的玉米芯粉碎至花生粒大小，再将其与干牛粪、尿素、过磷酸钙、石灰粉和石膏粉混合在一起，然后把栽培基质放置在菇房中进行发酵。
2、发酵方法
想要蘑菇基质快速发酵成功，需要使用塑料薄膜覆盖在基质上方，并在发酵5-6天后，要向栽培基质上喷洒水分，再为其进行上下交替翻料，同时要在基质中心处挖一个坑，为其散发氨气，而且此时的基质温度约为70度。
3、接种方法
栽种蘑菇时，需要在基质的温度降低至28度以下时，将产量高的优良菌株接种至基质上，而且在播种后的1-5天时，需要保温保湿，使其旺盛生长，并且在蘑菇菌丝长至基质的二分之一时，要打开窗户为其进行通风。
4、养护管理
养护蘑菇时，需要在菌丝长至1厘米高时，向植株喷洒水分，使蘑菇的生长速度加快，并且在蘑菇出菇后，需要每天喷洒1-2次的清水，维持植株正常生长，而且在采收结束后，需要立即将蘑菇的死菇和老菇剪掉。