苹果树的修剪时间因品种、树龄、树势、生长条件等不同而有所差异，一般在冬季和生长季修剪：
冬季修剪：又称休眠期修剪，从苹果落叶后到翌年春季树液流动前进行的修剪。多采用短截、疏剪、缓放（甩放）、缩剪、开张枝条角度等方法，加速扩增树冠，增加枝量，维持良好的树体结构和树势均衡。
生长季修剪：苹果萌芽后的整个生长季节内的修剪，包括春季、夏季和秋季修剪。春季修剪是在春季萌芽后进行，包括花前复剪、除萌抹芽和延迟修剪；夏季修剪是在新梢旺盛生长期进行，修剪宜轻；秋季修剪是在秋梢即将停长至落叶前进行，剪除过密大枝和即将停长的新梢。生长季修剪多采用刻芽、抹芽、摘心、拉枝开角、环剥等方法，改善树体通风透光条件，抑制过旺的营养生长，促进花芽分化量。
苹果树修剪时，先剪发芽早、成熟早的品种，后剪发芽晚、成熟晚的品种；同一品种，树龄、树势不同，修剪期也不同，一般壮树发芽较早，要适当早剪，弱则应晚剪，成年树宜早剪，初龄树晚剪，病虫危害的树晚剪，旺树可推迟到萌芽时修剪；同一品种，生长条件不同，修剪期也不同，一般土壤肥沃，灌水方便的要适当早剪，土壤瘠薄的山地和丘陵地，结构不良的沙滩地及地下水位高的要先剪阳坡，后剪阴坡。